| Título: | PREDICCION Y ANALISIS COMPUTACIONAL DE NUEVAS INTERACCIONES ENTRE PROTEINAS QUE PARTICIPAN EN LA PATOGENESIS DE HELICOBACTER PYLORI |
| Autores: | SEGURA CABRERA, ALDO |
| Fecha: |
2009-08-24 2009-08-24 2009-08-24 |
| Publicador: | Instituto Politécnico Nacional - México |
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| Tipo: | Thesis |
| Tema: | CEBIOGEN |
| Descripción: | La información de interacciones entre proteínas producto de experimentos a gran escala en humano y otros organismos eucariotes ha sido de gran valor para la comprensión a nivel de sistemas de diversos procesos biológicos. Sin embargo, en organismos procariotes se dispone de limitada información sobre las interacciones entre proteínas; siendo Helicobacter pylori (H. pylori) el primer organismo de este tipo estudiado a nivel de las interacciones entre proteinas. Para contribuir al entendimiento de la participación de las proteínas en la patogénesis de H. pylori, se construyó una red de interacción para 127 proteínas asociadas a patogénesis, combinado datos de interactomas obtenidos a nivel experimental, predicciones de alta confiabilidad y análisis in silico. La red resultante presentó un total de 330 proteínas con 1,271 interacciones. La predicción de nuevas interacciones entre proteínas se realizó mediante los métodos de búsqueda de interólogos y basados en el contexto genómico, en combinación con información derivada de experimentos de los interactomas disponibles y minería de datos. Todas las proteínas presentes en la red se agruparon de acuerdo a procesos celulares específicos, esto indica que el análisis realizado esta en concordancia con la evidencia experimental disponible de interacciones proteína-proteína. Para predecir nuevas proteínas patogénicas se realizó un análisis del contexto funcional para cada una de las proteínas que integraron la red. Cincuenta proteínas candidato se obtuvieron con valor predictivo positivo y sensibilidad superior al 60%. El análisis in silico predice la asociación de las proteínas candidato con los procesos de quimiotaxis y motilidad, adaptación al medio ácido, respuesta al estrés, sistema de secreción tipo IV, síntesis de lipopolisacáridos y formación de biopelículas. Se demostró la importancia del análisis computacional de redes de interacción para caracterizar la posible función de proteínas hipotéticas o para explorar nuevas funciones de proteínas conocidas. Así, se proponen funciones para 13 proteínas hipotéticas, para la proteína CheA, para el regulador transcripcional Nik.R y para la superóxido dismutasa SodB. CheA es una proteína de conocida función en quimiotaxis; en el presente estudio se determinó su posible asociación con la exportación de proteínas flagelares durante el ensamblaje del flagelo y con la formación de biopelículas, el cual es un proceso poco comprendido en el contexto de la patogénesis de H. pylori. NikR fue asociada con la adaptación al medio acido y SodB con la inhibición de la apoptosis de las células del hospedero. Finalmente, estas nuevas interacciones proporcionan una base teórica para descubrir nuevos factores asociados a patogénesis mediante su validación experimental y para el desarrollo de estrategias terapéuticas novedosas. |
| Idioma: | Español |