| Título: | Protein structure comparison via contact map alignment |
| Autores: | Valentim, Felipe Leal |
| Fecha: |
2014-07-30 2014-07-30 2010-02-05 2014-07-30 2010-02-05 |
| Publicador: | |
| Fuente: |
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| Tipo: | tese |
| Tema: |
Proteins Structural alignment Contact maps MAX-CMO Proteínas Alinhamento estrutural Mapas de contato MAXCMO Agronomia |
| Descripción: | As proteínas são componentes primários em quase todos os processos biológicos nos organismos vivos. Sabe-se que a variedade de funções de proteínas é um resultado das diferenças nas estruturas de proteínas. Portanto, compreender e comparar a estrutura das proteínas é um desafio importante na biologia molecular moderna. O alinhamento estrutural e comparação das proteínas tornaram-se tarefas essenciais, cuja solução é fundamental para auxiliar outros problemas, tais como a desenho racional de novos fármacos, predição de função/estrutura de proteínas, e clusterização de proteínas. Uma classe promissora de abordagens para medir a similaridade da proteína depende do alinhamento dos mapas de contato da proteína. A fomalização mais comum para o problema matemático de alinhamento de mapas de contato é chamado o Maximum Contact Map Overlap problem (MAXCMO). Neste contexto, esta dissertação de mestrado propõe a heurística híbrida Greedy Random Adaptive Search Procedure com Path-relinking para o Maximum Contact Map Overlap problem, que tem se revelado capaz de encontrar soluções promissoras. Outra proposta apresentada neste trabalho é a implementação de uma ferramenta computacional que permite o alinhamento estrutural de proteínas através da heurística proposta. Os capítulos 2 e 3 desta dissertação representam os artigos que descrevem estas duas propostas. Um capítulo final descreve experimentos adicionais realizados com a heurística e a ferramenta computacional. |
| Idioma: | pt_BR |